EMSLi kui organisatsiooni struktuuri kuuluvad üldkoosolek, nõukogu ja tegevbüroo.

EMSL kõrgeimaks organiks on üldkoosolek. Üldkoosoleku pädevuses on näiteks põhikirja muutmine, eesmärgi muutmine, nõukogu liikmete valimine, majandusaasta aruande kinnitamine jne. Üldkoosoleku kutsub kokku juhatus üks kord aastas.

EMSLi pikemaajalist tegevust kavandav, EMSL juhatuse tegevust juhendav ja igapäevase tegevuse raamest väljuvaid küsimusi otsustav organ on nõukogu.

EMSLi esindab õigustoimingutes ja tegevbüroo igapäevast tegevust korraldab EMSL juhataja. Missiooni teostamiseks loodud programmide teostamisega tegeleb tegevbüroo.

Üldkoosoleku protokollid ja EMSLi aastaaruanded